こちらは、ほとんどの場合は本アプリの仕様通りの挙動でございます。
管理画面で設定するストアの休業日・長期休暇は、「発送不可日」(商品の「出荷」ができない日)であり、配送業者による「お届け不可日」ではないためでございます。本アプリは、商品の在庫を管理して、注文があったら出荷する「ストア」と、ストアから出荷された商品を購入者の元に届ける「配送業者」が別で稼働している想定で作られております。
ストアが休みでも、配送業者が稼働していれば、ストアが休みに入る前に既に出荷されている商品はお届けできるため、管理画面で設定した休業日でもカート画面では指定できるという次第でございます。
なお、個別で「お届け不可日」を設定する方法につきましてはこちら↓をご参照ください。