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複数の配送先ごとに送料を徴収することはできますか？
可能です。Shopify標準の基本配送料の範囲であれば、配送先ごとにそれぞれ送料が加算されます。
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カスタム配送料、他のアプリで設定中の送料が正常に反映されない。
現状の本アプリの仕様上、カスタム配送料及び他のアプリにより設定された送料は正常に反映することができません。基本設定の地域ごと、重量ごと、金額ごとの送料は問題なく反映されることを確認しておりますが、ストア内にカスタム配送料の適用される商品が1つでもある場合は、正常な動作を保証できません。
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複数配送先.ampを通して注文するとすべて送料無料になってしまう
カスタム配送料、あるいは他のアプリで設定されている送料が、ストア内に一つでも存在するものと思われます。